W ramach sieci Natura 2000 ochronie podlegają dwa typy obszarów: obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO) oraz specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO).

Około 50% powierzchni Nadleśnictwa Konstantynowo objęte jest siecią Natura 2000. Na obszarze Nadleśnictwa wyznaczono aż 5 obszarów "naturowych", w tym: 1 „ptasi"  i 4 obszary Natura 2000 „siedliskowe" :

Obszar Natura 2000 „ptasi":
- Ostoja Rogalińska PLB300017

Obszary Natura 2000 „siedliskowe":
- Rogalińska Dolina Warty PLH300012
- Będlewo-Bieczyny PLH300039
- Dolina Mogielnicy PLH300033
- Ostoja Wielkopolska PLH300010 (w bardzo niewielkim wymiarze większość znajduje się w zasięgu Wielkopolskiego Parku Narodowego)

Obszar Ostoja Rogalińska PLB 300017

To obszar położony w zasięgu Nadleśnictwa Konstantynowo na terenie Leśnictwa Brodniczka, Krajkowo, Grzybno i Wielka Wieś o łącznej powierzchni 4448,09 ha. Obszar ten wyznaczono dla ochrony dziko występujących ptaków, w jego granicach występuje co najmniej 27 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, m.in. gęś zbożowa, rybitwa czarna, dzięcioł średni i kania ruda.

Rogalińska Dolina Warty PLH 300012

Rogalińska Dolina Warty stanowi specjalny obszar ochrony siedlisk. Obszar ostoi obejmuje fragment pradoliny Warty, z unikalnym krajobrazem, gdzie rzeka meandrując utworzyła na terasie zalewowej liczne starorzecza i zastoiska. Obszar ten stanowi największe skupisko pomnikowych dębów w Europie. Obejmuje on powierzchnię 14753,6 ha w województwie wielkopolskim na południe od Poznania.

Na gruntach Nadleśnictwa Konstantynowo ww. ostoja zajmuje powierzchnię 4391,6 ha.

Ostoja Wielkopolska PLH 300010

Ostoja położona jest na Nizinie Wielkopolskiej i zajmuje faliste i pagórkowate tereny na lewym brzegu Warty o powierzchni 8427,1 ha. Teren ten charakteryzuje się typowym krajobrazem polodowcowym. Znajduje się tu część najdłuższego w Polsce ozu Bukowo-Mosińskiego o długości 374 km oraz wydmy, rynny, liczne głazy narzutowe i 12 jezior polodowcowych (m.in. Budzyńskie, Góreckie, Skrzynka, Kociołek). Prawie wszystkie jeziora w ostoi są bogatymi w substancje mineralne jeziorami eutroficznymi. Jedynym jeziorem dystroficznym jest jez. Skrzynka.
Na terenie ostoi znajdują się także łąki, z których do najpiękniejszych należą łąki trzęślicowe i pełnikowe. W północno-zachodniej części obszaru, w okolicy jez. Wielkomiejskiego znajduje się cenny kompleks łąkowo-torfowiskowy na kredzie jeziornej z roślinnością kalcyfilną.
Na gruntach Nadleśnictwa Konstantynowo ww. ostoja zajmuje powierzchnię 59,05 ha (0,71% pow. ostoi).

Będlewo - Bieczyny PLH 300039

Ostoja obejmuje najcenniejszą część zwartego kompleksu leśnego położonego na południowy zachód od Poznania w Dolinie Środkowej Obry. Leży w rozległym obniżeniu przeciętym Kanałem Mosińskim. Większość obszaru zajmują dobrze wykształcone zbiorowiska leśne: łęgi wiązowo-jesionowe (91F0) i jesionowo-olszowe (91E0-3) oraz grądy środkowoeuropejskie (9170). W lasach zachowały się drzewostany ze znacznym udziałem starodrzewi, głównie okazałych dębów szypułkowych i jesionów.

Dolina Mogielnicy PLH 300033

Ostoja położona jest na zachód od Poznania, w środkowej części Pojezierza Poznańskiego. Niemal 90% powierzchni obszaru położone jest na terenie Nadleśnictwa Konstantynowo (1045,00 ha). Krajobraz dorzecza rzeki Mogilnicy stanowi cenny obiekt przyrodniczy, skupiający unikatowe dla naszego regionu siedliska lasów liściastych. Na szczególną uwagę zasługują tu najlepiej zachowane w Wielkopolsce łęgi jesionowo-olszowe. Dużym zagrożeniem dla tego obszaru jest rozprzestrzeniająca się w całej Europie choroba jesionów. W wyniku zamierania jesionów niektóre fragmenty lasów łęgowych są coraz bardziej prześwietlone co w konsekwencji prowadzi do przesuszenia siedlisk i rozwoju roślin niepożądanych na tym terenie.