Jedną z najstarszych form ochrony wartości przyrodniczych są pomniki przyrody. Zgodnie z definicją zawartą w „Ustawie o ochronie przyrody" pomnikami przyrody są pojedyncze twory przyrody żywej i nieożywionej lub ich skupiska o szczególnej wartości przyrodniczej, naukowej, kulturowej lub krajobrazowej. Najczęściej pomnikami przyrody są okazałe, stare drzewa lub ich grupy.

Łącznie w Nadleśnictwie zaewidencjonowano 19 pomników przyrody, w tym 18 pomników przyrody ożywionej oraz 1 pomnik przyrody nieożywionej, są to:

• dąb szypułkowy „Napoleon" (Leśnictwo Będlewo);
• grupa 6 dębów szypułkowych (Leśnictwo Będlewo);
• dąb szypułkowy "Wojciech" (Leśnictwo Czempiń);
• dąb szypułkowy "Wiesław" (Leśnictwo Czempiń),
• dąb szypułkowy w kompleksie Jarogniewice (Leśnictwo Czempiń);
• dwa pojedyńcze dęby szypułkowe (Leśnictwo Woźniki);
• dąb szypułkowy  "Jan" (Leśnictwo Brodniczka);
• sosna zwyczajna "Elżbieta" (Leśnictwo Grzybno);
• grupa 3 dębów szypułkowych (Leśnictwo Więckowice);
• skupisko krzewów wawrzynka wilczełyko (Leśnictwo Będlewo);
• źródło wodne „Żarnowiec", wypływające z piaskowca (Leśnictwo Wielka Wieś);
• dąb szypułkowy "Rafał" (Leśnictwo Brodniczka);
• grab pospolity "Maciej" (Leśnictwo Brodniczka);
• lipa drobnolistna "Małgorzata" (Leśnictwo Brodniczka);
• 4 dęby szypułkowe: "Jaromir", "Zamir", "Radomir", "Huniemir" (Leśnictwo Czempiń).